結局MySQLのプロセスがいっぱいメモリーをとってスラッジングしているのが原因のような気がする。
ので、例によって適当にチューニング。
以下を /etc/my.cnf に挿入
# Tuning Memory Usage innodb_buffer_pool_size=512M innodb_additional_mem_pool_size=20M innodb_log_buffer_size=16M innodb_log_file_size=128M sort_buffer_size=2M read_rnd_buffer_size=1M join_buffer_size=256KB read_buffer_size=1M key_buffer_size=256M myisam_sort_buffer_size=1M net_buffer_length=16384 max_connections=100 innodb_log_files_in_group=2